Seit 1993 kämpft der Verein gegen sexuellen Missbrauch von Kindern und gegen Kinderpornographie, mit Therapie, Beratung, Prävention und Fortbildungen. Mit seinen Projekten unterstützt Dunkelziffer e. V. Kinder mit sexueller Gewalterfahrung, ihre Vertrauenspersonen und alle, die beruflich oder privat mit dem Thema in Berührung kommen.

Der Verein setzt sich seit Langem für einen besseren Opferschutz und härtere Strafen ein sowie für die Enttabuisierung des Themas durch Medienarbeit und eine umfassende Aufklärung der Öffentlichkeit.